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TD Biochimie 3: protéines oligoéléments,

TD de Biochimie des protéines et oligoéléments

Année 2018/2019

Exercice 1

Un mélange de trois peptides est soumis à une électrophorèse sur papier à un pH de 6,5.
- Indiquez la position des 3 peptides à la fin de l'expérience.
- Déterminez un pH pour optimiser cette séparation.
Les trois peptides sont :
1 : His-Gly-Pro-Lys
2 : Glu-Leu-Cys-Asp
3 : Ala-Gly-Ile-Ser

 

Exercice 2

L'étude d'un pentapeptide donne les résultats suivants :
- Une hydrolyse acide (HCl 6N, 110° C, 48h) donne la composition suivante :
Ala, Arg, Cys, Lys, Ser
- L'action de la trypsine donne un tripeptide et un dipeptide
- L'action du DNFB sur le tripeptide donne le DNP-Ser
Parmi les séquences primaires suivantes, laquelle ou lesquelles sont compatibles avec les
séquences ci-dessous :
a) Lys-Ala-Arg-Cys-Ser
b) Ala-Arg-Cys-Ser-Lys
c) Ala-Arg-Cys-Lys-Ser
d) Ser-Ala-Arg-Cys-Lys
e) Ser-Lys-Ala-Arg-Cys
f) Ser-Arg-Ala-Cys-Lys

Exercice 3

Etudier l’ionisation du peptide Lys-Val-Ser-Asn-Tyr-Glu en fonction du pH. Quelle est la valeur approximative du point isoélectrique de ce peptide ? Quel pH peut-on choisir pour séparer ce peptide du petide Asp-Pro-Cys en électrophorèse ?

On donne pKa (α-NH₂ = 7.8, pk α-COOH)=2.2, pkaβ-COOH=3.8, pKaε-NH₂=10.0

Exercice 4

Ecrire la réaction d’ionisation de l’Arginine et de l’acide Aspartique quand on passe d’un milieu très acide à un milieu très basique. Calculer leur pHi. Les valeurs des pks d’ionisation de l’Arginine et de l’acide Aspartique sont les suivants :

Arginine Pka1= 2.17, Pka2= 9.04, Pka2= 12.48

Aspartate Pka1= 2.1 Pka2= 9.8 Pka3= 4.2

 

Exercice 5

On soumet un mélange d’histidine, d’arginine et d’acide aspartique à l’électrophorèse sur papier dans un tampon à pH=5,2. Donner la position relative de ces 3 aminoacides après électrophorèse. Faire le schéma de l’électrophorégramme. A savoir : pHi His=7,6 ; pHi Asp=3,15 ; pHi Arg=10,16

 

Exercice 6

Un mélange de peptides est soumis à une électrophorèse sur papier à un pH de 6,5. Peptide 1 : His-Gly-Pro-Lys. Peptide 2 : Glu-Leu-Cys-Asp. Peptide 3 : Ala-Gly-Ile-Ser. 1) Indiquer la position des 03 peptides à la fin de l’expérience. 2) Lequel de ces peptides sera retenu par une résine échangeuse d’anions à pH = 8 ?

Exercice 7

1) On part d’un nonapeptide qui a donné par hydrolyse avec HCl 6N pendant 72h : 1Ala, 3Gly, 1Pro,

1Leu, 2Phe et 1Tyr. Ce nonapeptide :

- Ne donne pas de DNP-AA avec le DNFB.

- Réagit avec l’isatine (spécifique de la Pro).

- Donne par hydrolyse chymotrypsique 02 tripeptides (T1 et T3) et 01 dipeptide (D) + acide.

aminé libre.

- Donne par hydrolyse ménagée un tripeptide (T2).

2) Après hydrolyse des liaisons peptidiques par HCl 6N des tripeptides T1, T2 et T3 et du dipeptide

(D), suivi de la séparation des acides α-aminés des hydrolysats par chromatographie sur couche mince et révélation à la ninhydrine, on obtient les résultats suivants :

Composition en acides α-aminés des fragments :

T1 : Gly, Tyr, Leu ; T2 : Gly, Ala, Phe ; T3 : Gly, Pro, Phe ; D : Gly, Phe

1. La détermination de l’extrémité N-terminale par la méthode de Sanger donne pour T1 et pour T2 Gly.
2. La détermination de l’extrémité C-terminale par hydrolyse enzymatique (carboxypeptidase) donne pour T2 Ala.
3. Déduire de ces résultats expérimentaux la séquence des acides aminés dans les différents peptides T1, T2, T3 et D ainsi que la séquence du nonapeptide de départ.